@caiji 原因是主核上有浮点寄存器和整数寄存器的区别，可以试试：
#define my_simdstore(va,addr) asm volatile("vldd %0,0(%1)" : “=f”(va) : "r"(addr))
=f表示操作数是浮点寄存器。

@zhouyu 行模式下bsize和stride好像是正常使用的，就是原来的跨步和块大小，块大小好像也要是128B的整数倍。

@zhouyu 行集合模式不需要额外的对齐。

@zhouyu 这个我还专门打出来确认过，真的不一定对齐。

行模式要求主存地址128B对齐。
而且，id/8==0是什么鬼？那不是第一行吗？行模式只需要一行里一个从核发送请求。

@xiao灰灰 跟据我的目测，小算例里面的virial好像是瞎算的，大算例里面virial好像还算稳定？

另外给一个栗子吧:
test_cpe.c

#include <stdio.h>
#include <slave.h>
int cpe_hello(){
  if (!_MYID)
    puts("Hahaha");
}

test_mpe.c

#include <athread.h>
extern slave_cpe_hello();
void cpe_call(){
  athread_init();
  athread_spawn(cpe_hello, 0);
  athread_join();
}

gromacs-5.1.5/src/programs/mdrun_main.cpp

........
extern "C"{
  void cpe_call();
}
int main(int argc, char *argv[])
{
  cpe_call();
    return gmx::CommandLineModuleManager::runAsMainCMain(argc, argv, &gmx_mdrun);
}

注意extern C.

@wakawaka sw5objdump -t <可执行文件>看一眼是不是sw5f90链接出来没有main函数?

鉴于前一阵子貌似大家已经因为编译和链入外部库的事情吵了起来.
我写了一个简单的脚本用来生成链入外部库的配置.

mkdir $1
cd $1
cat > compile.sh <<EOF
make -C cpelib -B && make -j 4
EOF
mkdir cpelib
cd cpelib
cat > Makefile <<EOF
CPE_SRCS=\$(wildcard *_cpe.c)
MPE_SRCS=\$(wildcard *_mpe.c)
CPE_OBJS=\$(patsubst %.c, %.o, \$(CPE_SRCS))
MPE_OBJS=\$(patsubst %.c, %.o, \$(MPE_SRCS))
OBJS=\$(CPE_OBJS) \$(MPE_OBJS)
all: libmdrun-sw.a
libmdrun-sw.a: \$(OBJS)
	-rm \$@
	sw5ar cr \$@ \$(OBJS)
\$(CPE_OBJS): %_cpe.o: %_cpe.c
	sw5cc -slave -c -msimd \$< -o \$@
\$(MPE_OBJS): %_mpe.o: %_mpe.c
	sw5cc -host -c -msimd \$< -o \$@
EOF

make

cd ..
CC=mpicc CXX=mpiCC LDFLAGS="-Wl,--whole-archive,`readlink -f cpelib`/libmdrun-sw.a,--no-whole-archive" cmake .. -DGMX_FFT_LIBRARY=fftpack -DGMX_MPI=on -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_BUILD_MDRUN_ONLY=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=off -LH

使用方式是:

1. 初始化配置:

sh hlink.sh casename

2. 放入自己的代码:

cp your_cpe_source_cpe.c casename
cp your_mpe_source_mpe.c casename

这里的从核代码必须以_cpe.c结尾而主核代码为_mpe.c, make会自动根据这些文件进行wildcard并进行编译.
熟悉makefile的小朋友可以加一点自动依赖分析 (声明: 这个脚本生成的Makefile不带自动依赖分析所以我在compile.sh里面加入了-B).
3. 编译:

cd casename
sh compile.sh

4. 大家加油!
   另外: 如果脚本不好使不要投诉我了. 反正我一不是组委会的人, 二不是超算的技术支持, 所以投诉我是没有用的.

@tashkent 我觉得你可能是没有加进去，你可以试试cmake之前暴力加LDFLAGS试一试。